①绿色农药设计、合成及靶标发现与作用机制研究，本方向的学术带头人主要有：宋宝安教授、杨松教授、欧阳贵平教授；

重点以现有候选药物为基础，验证和阐明杀菌抗病毒化合物及候选药物的作用靶标，明晰免疫基于激活机制的杀菌抗病毒药物小分子与靶标大分子相互作用，并由此出发，创造新的高活性先导与候选药物。

②农药及功能分子的有机合成方法学研究，本方向的学术带头人有：杨松教授、池永贵教授、Pinkai教授、鲍小平教授；

重点开展环境友好的绿色合成反应、新型反应试剂或催化剂的设计与应用、不对称合成技术、杂环化合物的合成方法学研究，发展绿色清洁生产工艺。

③农药分析与环境效应，本方向的学术带头人有：胡徳禹教授、金林红教授、黄剑教授；

重点利用喀斯特山区丰富的生物种质基因资源，克隆抗病虫、抗病毒、农药降解等基因，利用基因删除技术与转抗病虫基因结合，创制安全应用的转基因生物农药;阐明调控适应性的相关机理，为常规育种和分子育种奠定理论基础。

④有害生物持续控制技术与转基因生物安全研究，本方向的学术带头人有：宋宝安教授、赵德刚教授、王嘉福教授、许厚强教授、陈卓教授、文晓鹏教授；

针对耕作模式改变和气候变暖导致的害虫猖獗和外来生物入侵，水稻飞虱、螟虫及病毒病对水稻、玉米及茶树生产构成严重威胁，重点开展重要病虫及病毒病害灾害发生机理，建立病虫害监测预警机制，探索农药新施药技术、残留分析与环境行为,研究治虫防病新技术，控制病虫害的发生。